O prólogo começa com o alquimista pegando um livro sobre Narciso enquanto viaja com uma caravana. Nesta versão da lenda, uma deusa aparece e fala com o lago onde Narciso se afogou, e o lago chora por Narciso porque viu sua própria beleza refletida nos olhos dele. O alquimista acha a história encantadora.
A história apresenta um pastor chamado Santiago que chega com seu rebanho a uma igreja abandonada na Andaluzia. Ele fala com suas ovelhas, sentindo que elas entendem suas palavras, e lhes conta sobre uma garota que conheceu há um ano, a filha do comerciante. Santiago reflete sobre sua vida como pastor e seu desejo de explorar o mundo, o que o levou a deixar o seminário contra os desejos de sua família. Em Tarifa, ele encontra uma velha mulher que interpreta seu sonho de encontrar um tesouro no Egito e pede um décimo do que ele encontrar. Desapontado, Santiago vagueia pela cidade e contempla comprar uma passagem para a África. Em vez disso, ele vende a maior parte de seu rebanho a um misterioso velho chamado Melquisedeque, que afirma ser o Rei de Salém. Melquisedeque conta a Santiago sobre Lendas Pessoais e se oferece para dizer-lhe a localização do tesouro escondido no Egito em troca de um décimo de suas ovelhas. Santiago aceita e descobre que o tesouro está perto das pirâmides. Melquisedeque lhe dá pedras de Urim e Tumim para guiá-lo em sua jornada. Santiago vai para a África e perde seu dinheiro em um golpe, mas permanece otimista e continua sua busca pelo tesouro. Ele acaba trabalhando para um comerciante de cristais para economizar dinheiro para sua viagem ao Egito.
Após passar um mês na loja de cristais, Santiago percebe que levará um ano para economizar dinheiro suficiente para sua viagem ao Egito. Ele decide construir uma vitrine fora da loja, o que aumenta as vendas e acelera suas economias. No entanto, Santiago começa a duvidar de sua decisão de retornar à Espanha, sentindo que o Egito agora é como um sonho distante. Ele conhece um inglês na loja de cristais que está estudando alquimia e buscando a Pedra Filosofal. Os dois se unem por sua crença em presságios e decidem viajar juntos para Al-Fayoum, onde o inglês espera encontrar o alquimista. A caravana deles está indo para Al-Fayoum, mas enfrentam perigos pelo caminho, incluindo uma guerra tribal. Santiago e o inglês chegamao oásis em Al-Fayoum, e Santiago se apaixona por uma garota chamada Fátima. Ele decide ficar no oásis, enquanto o inglês prossegue seus estudos alquímicos. Santiago tem uma visão de um ataque iminente ao oásis e avisa os chefes. O oásis se prepara para a guerra, e Santiago encontra um misterioso cavaleiro vestido de preto, que se revela ser o alquimista que ele está procurando. O cavaleiro testa a coragem de Santiago e diz para ele procurá-lo após a batalha terminar. O oásis defende-se com sucesso do ataque, e Santiago é convidado a se tornar um conselheiro do oásis.
Naquela noite, Santiago vai para o sul e se depara com a tenda habitada pelo alquimista. O alquimista aparece com dois falcões mortos e eles entram na tenda para conversar. O alquimista oferece-se para guiar Santiago até seu tesouro, mas Santiago sente que já é rico com Fátima. Eles bebem vinho, e o alquimista aconselha Santiago a trocar seu camelo por um cavalo. Na noite seguinte, Santiago retorna com um cavalo, e eles cavalgam pelo deserto para provar as habilidades alquímicas de Santiago. O alquimista avisa Santiago que ele deve continuar até as pirâmides, já que a Alma do Mundo irá testá-lo. Eles passam por áreas perigosas e Santiago aprende a ouvir seu coração e a se comunicar com os elementos. Santiago realiza um milagre, transformando-se em vento, e impressiona os homens da tribo que o acusavam de ser um espião. Eles chegam a um mosteiro copta, onde o alquimista transforma chumbo em ouro para demonstrar o poder da alquimia. O alquimista e Santiago se separam, e Santiago continua sua jornada sozinho. Ele finalmente chega às pirâmides, mas é atacado por
homens que roubam seu ouro. Santiago descobre que seu tesouro está de volta à igreja em ruínas onde começou sua jornada.
Santiago chega à igreja em ruínas e escava sob a árvore onde o tesouro lhe foi revelado em um sonho. Ele encontra um baú cheio de moedas de ouro espanholas e itens valiosos. Ele coloca Urim e Tumim no baú e decide retornar a Tarifa para dar um décimo do tesouro à mulher cigana. Santiago sente o levanter soprar, sinalizando que é hora de voltar para Fátima.