Im Heulenden Wald von Fantastica versammeln sich vier magische Wesen - ein Irrlicht, ein Nachtgoblin, ein Felsenriese und ein winziges Wesen -, um eine wachsende Bedrohung für ihre Welt zu besprechen. Als Boten ihrer jeweiligen Spezies entsandt, vereinen sie sich, um die Anwesenheit des Nichts anzusprechen, einer bösen Kraft, die Abwesenheit und Verlust verursacht, indem sie Wesen und Gegenstände auslöscht. Ihr Ziel ist es, die Herrscherin von Fantastica, die Kindliche Kaiserin, über diese Gefahr zu informieren. Obwohl von der Erzählung fasziniert, ist Bastian erleichtert, dass die Probleme von Fantastica seine eigene Realität nicht beeinflussen. Die magischen Wesen begeben sich auf eine Reise zur Kaiserin, wo Vertreter verschiedener Spezies versammelt sind. Sie entdecken, dass die Kindliche Kaiserin schwer krank ist und die Anwesenheit des Nichts unerklärlich bleibt.
Die Ärzte von Fantastica können die Krankheit der Kindlichen Kaiserin nicht diagnostizieren. Ihr Wohlbefinden beeinflusst das gesamte Königreich, da sie das Herz aller Lebens ist. Bastian denkt über den Tod seiner Mutter und die anhaltende Trauer seines Vaters nach. Cairon, ein angesehener Arzt, enthüllt, dass die Krankheit der Kaiserin mit der bevorstehenden Zerstörung von Fantastica verbunden ist. Die Kaiserin beauftragt Cairon, einen Helden namens Atreyu zu finden, der einen Retter suchen wird, um das Königreich zu retten. Cairon bekommt die Aufgabe, Atreyu das Medaillon AURYN als Schutz zu geben. Cairon reist zum Grasmeer, um Atreyu, einen jungen Grünschling-Jäger von lila Büffeln, zu rekrutieren. Bei der Begegnung mit Atreyu ist Cairon überrascht von seiner Jugend, aber Atreyu akzeptiert die Mission. Er
bricht mit seinem sprechenden Pferd Artax auf, und Bastian fühlt eine Verbindung aufgrund von Atreyus Waisenstatus.
Atreyu begibt sich auf seine Reise. Träume von lila Büffeln quälen seinen Schlaf, und Rindertrolle zeigen ihm die Auswirkungen des Nichts. Beim Klettern auf einen Baum sieht Atreyu das Nichts aus erster Hand und erkennt seine Gefahr. Er träumt von einem Büffel, der ihn zu Morla der Alten führt, einer weisen Schildkröte. Der Weg zu Morla führt durch die Sümpfe der Traurigkeit, wo Artax der Verzweiflung erliegt und ertrinkt. Atreyu findet Morla, die enthüllt, dass die Kaiserin einen neuen Namen braucht, um sich zu erholen. Trotz Morlas Rat, aufzugeben, erwähnt sie das Südliche Orakel als Quelle für Antworten. In der Zwischenzeit beginnt ein mysteriöses Schattenwesen, Atreyu zu verfolgen.
Atreyu, auf der Suche nach dem Südlichen Orakel, betritt das Land der Toten Berge und steht vor demHindernis des Tiefen Abgrunds, bewacht von der monströsen Spinne Ygramul. Der Dunkelwolf folgt weiterhin Atreyu. Aus dem Dachboden der Schule heraus, empfindet Bastian Mitgefühl für Atreyus Einsamkeit.
Beim Navigieren durch die Bergtunnel findet Atreyu Falkor, einen Glücksdrachen, der in einem Spinnennetz gefangen ist. Er versucht, mit Ygramul zu vernünftigen, und nutzt AURYN, um seine Suche anzuzeigen, aber die Spinne weigert sich, Falkor freizulassen. Atreyu entdeckt, dass Ygramuls Biss innerhalb einer Stunde tödlich ist, aber die Fähigkeit verleiht, überall in Fantastica zu reisen. Um das Südliche Orakel zu erreichen, stimmt Atreyu zu, gebissen zu werden. Er verkündet seinen Wunsch und verliert das Bewusstsein.
Atreyu erwacht neben Falkor in einem Berg, wo sie von der heilenden Gnome Urgl und ihrem Ehemann Engywook, einem Gelehrten, versorgt
werden. Engywook unterrichtet Atreyu über das Südliche Orakel und enthüllt die sphinxartigen Wächter an seinem Eingang.
Urgl erklärt Atreyu die drei Tore. Das erste, das Große Rätseleingangstor, hängt vom Zufall ab, um passiert zu werden. Das zweite, das Magische Spiegeleingangstor, offenbart die innere Natur einer Person. Das dritte, das Schlüssellose Eingangstor, wird nach dem zweiten Tor zugänglich. Uyulala, das Südliche Orakel, residiert jenseits davon. Atreyu wird gebeten, seine Erkenntnisse Urgl zu berichten, wenn er überlebt.
Atreyu überwindet das erste Tor leicht. Das zweite Tor zeigt jedoch statt ihm Bastian, was Bastian überrascht und ihn seine Verbindung zu Fantastica in Frage stellen lässt. Das dritte Tor öffnet sich beim Berühren durch Atreyu.
Atreyu betritt einen von Säulen gesäumten Wald und unterhält sich mit einer singenden Stimme, die sich in Reimen äußert. Die Stimme, Uyulala, das Orakel, enthüllt, dass ein menschliches Kind die Kaiserin umbenennen muss, um Fantastica zu retten. Nur die Interaktion mit Menschen kann das Bestehen von Fantastica aufrechterhalten. Nach seiner Rückkehr zu den Gnomen erfährt Atreyu, dass er sieben Tage beim Orakel verbracht hat, und sowohl er als auch Falkor heilen. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach dem menschlichen Kind, das die Kaiserin retten kann.
Atreyu und Falkor fliegen, um die Grenze von Fantastica zu erreichen, und beobachten den zerstörerischen Fortschritt des Nichts aus den Wolken. Falkor schlägt vor, umzukehren, aber Atreyu möchte weitermachen. Sie treffen auf die Windriesen und erfahren, dass Fantastica keine klaren Grenzen hat. Die Kämpfe der Riesen trennen Atreyu von Falkor, was dazu führt, dass er AURYN verliert. Atreyu
erwacht an einem Strand, ruft nach Falkor, findet ihn jedoch nicht.Er realisiert, dass AURYN verloren ist und hört Musik, die ihn zu einem Zug von gespenstischen Wesen führt. Als er ihre Selbstzerstörung im Nichts beobachtet, flieht Atreyu und betritt eine verfallende Stadt.
Während Falkor nach Atreyu sucht, navigiert Atreyu durch die verlassene Spukstadt und fühlt sich niedergeschlagen. Er trifft auf einen verhungernden Werwolf, Gmork, und verwendet das Pseudonym Niemand, um nach der Bedrohung für Fantastica zu fragen. Gmork enthüllt, dass die Gefahr für Fantastica daher rührt, dass Menschen Träume und Realität vergessen. Bastian erkennt die Verbindung und möchte Fantastica helfen. Gmork, ein Bote des Nichts, gesteht das Scheitern seiner Mission. Atreyu gibt sich zu erkennen, Gmork stirbt, aber bindet sich an Atreyu, als das Nichts näher kommt.
Falkor findet AURYN im Meer und rettet es. Er befreit Atreyu aus Gmorks Griff, während das Nichts näher kommt. Sie machen sich auf den Weg zum Elfenbeinturm und beobachten den Verfall der Welt. Entschlossen erreicht Atreyu das Pavillon der Kaiserin, wo er ihr in die Augen sieht, jetzt mit weißen Haaren. Gleichzeitig trifft Bastian ihren Blick und erkennt, dass ihr Name Mondkind ist.
Atreyu übergibt der Kaiserin AURYN und fühlt, dass er es versäumt hat, einen menschlichen Retter zu bringen. Sie enthüllt, dass Atreyu seine Mission erfüllt hat, indem er Bastian durch seine Geschichte in Fantastica gezogen hat. Bastian erkennt, dass er der Retter ist, der sie benennen kann, zögert jedoch. Die Kaiserin sucht den Alten vom Wandernden Berg, um Bastian zu führen.
Die Kindliche Kaiserin sucht den Alten ohne ein bestimmtes Ziel. Sie betritt seine eiähnliche Behausung und erfährt, dass er Die Unendliche Geschichte schreibt, während sie sich entfaltet. Sie bittet ihn, den Anfang von Fantastica zu erzählen. Bastian liest mit und erkennt, dass die Geschichte seiner eigenen ähnelt, beginnend als er Mr. Coreanders Buchhandlung betrat. Unfähig, den Namen der Kaiserin auszusprechen, liest Bastian weiter, bis er ihn schließlich ruft und damit die Kerzen auf dem Dachboden auslöscht.
Bastian schwebt mit Mondkind und erfährt, dass seine Wünsche Fantastica wiedergebären werden. Sein erster Wunsch ermöglicht ihm, die Kaiserin zu sehen, die ihm einen Sandkorn gibt - Überbleibsel von Fantastica. Bastian pflanzt einen Samen und erschafft einen leuchtenden Wald. Sein Körper verwandelt sich, verliert Erinnerungen, behält jedoch das Glück. Er erschafft Perilin, den Nacht-Wald, und freut sich über seinen neuen Körper und seine Umgebung.
Bastian erwacht im Wald stärker. Eine farbenfrohe Wüste, die Wüste der Farben oder Goab, ersetzt den Wald. Bastian gewinnt neben seinen anderen Eigenschaften auch Mut. Er trifft Grograman, einen feuerfarbenen Löwen. Bastian freundet sich mit Grograman an, auch wenn es nachts zu Stein wird.
Grograman erklärt seine nächtliche Verwandlung und schenkt Bastian ein magisches Schwert, Sikanda. Grograman bietet Einblicke in die Erschaffung Fantasticas und die Rolle von Bastian. Bastian grübelt über die Nachricht auf AURYN, "TUE, WAS DU WILLST", und lernt, dass es bedeutet, wahre Wünsche zu erfüllen. Bastian erkennt seine Einsamkeit, verlässt Grograman und findet sich im Tempel der Tausend Türen wieder.
Bastian öffnet eine Tür und wird von Rittern und einer Dame begrüßt. Die Ritter sind auf dem Weg zu einem von einem Weisen veranstalteten Turnier, überwacht von Atreyu. Die Gewinner schließen sich Atreyu an, um den Retter zu finden. Bastian tritt ein, besiegt Held Hynreck, und Atreyu erkennt ihn. Atreyu bemerkt die Ankunft des Retters und feiert.
Bastian teilt seine Abenteuer mit Atreyu, während Falkor singt. Bastian erinnert sich nicht an sein früheres Aussehen. Er erfindet Geschichten, erstaunt die Amarganthianer und erschafft einen Drachen für Held Hynreck. Die Gruppe beschließt, Bastian in seine Welt zurückzubringen. Bastian, Atreyu, Falkor und die Ritter machen sich auf den Heimweg.
Gemeinsam reisen sie unwissentlich zum Elfenbeinturm, da Bastian nicht wirklich nach Hause zurückkehren will. Bastian grübelt über die Moral seiner Schöpfungen nach. AURYN erfüllt Wünsche, löscht aber Erinnerungen. Bastian und Atreyu treffen auf die Acharis, die die Schönheit Fantasticas erschaffen haben. Die Acharis bitten um neue Körper, werden zu Shlamoofs und verspotten Bastian, was ihre Schöpfungen gefährdet.
Die Stimmung von Bastians Begleitern ist gut, aber seine Stimmung verschlechtert sich. Atreyu versucht, ihn aufzumuntern, indem er ihn auf Falkor reiten lässt und nach seiner Vergangenheit fragt. Bastian lehnt es ab, nach Hause zurückzukehren, auch um seinen Vater zu sehen. Sie umkreisen wiederholt eine verfallene Burg. Bastian beschließt, zum Elfenbeinturm zu gehen, trotz Atreyus Warnung, Mondkind mehr als einmal zu treffen. Kreaturen folgen Bastian und bitten um Hilfe. Bastian
lädt sie zum Elfenbeinturm ein und führt eine wachsende Gruppe an.
Bastians Gemütszustand ändert sich, da er Gefahr sucht. Er erfährt von Xayide, die in einem Schloss in Form einer Hand lebt. Atreyu warnt, dass AURYN dazu führt, dass er sich selbst verliert.Bastian weigert sich, Atreyu den Amulett zu geben. Xayide fordert Bastian auf, sich zu ergeben, oder seine Ritter werden leiden. Stattdessen planen sie, die Gefangenen zu befreien. Bastian befreit die Ritter, kämpft gegen leere Rüstungsriesen und fängt Xayide gegen den Widerstand von Atreyu und Falkor ein.
Bastians Gruppe wächst während ihrer Reise. Er verbringt Zeit mit Xayide und nimmt ihre manipulativen Ratschläge auf. Die Gruppe erreicht das Sternenkloster, das von den Drei Tiefdenkern überwacht wird. Sie wollen über die Natur Fantasticas und Die Unendliche Geschichte erfahren. Bastian verliert seine Erinnerung an das Lesen des Buches.
Als Bastian dem Elfenbeinturm näherkommt, kommen Zweifel auf. Er erfährt, dass die Kaiserin verschwunden ist. Er belauscht Atreyu und Falkor, die AURYN mitnehmen wollen, um ihn zu retten. Bastian schließt sich Xayide an, verhaftet Atreyu und Falkor und verbannen sie. Er hört auf Xayide, denkt, dass er Fantasticas Herrscher sein sollte. Im Elfenbeinturm bereitet sich Bastian auf seine Krönung vor. Atreyus Armee kommt, um AURYN zurückzuholen. Es entbrennt eine Schlacht, und Bastian ersticht Atreyu. Bastian gewinnt, aber viele sterben, und der Elfenbeinturm wird zerstört. Bastian verlässt ihn und schwört, Atreyu zu finden, während er auf einem Metallpferd reitet.
Bastians Metallpferd zerfällt. Er betritt eine Stadt ohne Logik und trifft Menschen in seltsamer Kleidung. Argax, ein Affe, erklärt, dass dies die Stadt der alten Kaiser ist - Menschen, die herrschten oder es wollten, Wünsche benutzten und Erinnerungen verloren, in Verwirrung stecken blieben. Bastian fürchtet es und fragt, wie er diesem Schicksal entgehen kann. Argax rät ihm, einen Wunsch zu finden, um nach Hause zurückzukehren. Bastian beschließt, sich darauf zu konzentrieren, seinen Weg zurückzufinden.
Xayide folgt Bastian, verliert aber ihren Glauben und wird von ihrer Rüstung überrollt. Bastian betritt ein sich veränderndes Haus und trifft Dame Eyola. Sie ist freundlich und weise, hilft ihm zu erkennen, dass er sein wahres Verlangen entdecken muss, um nach Hause zurückzukehren. Sie erwähnt das Wasser des Lebens, das er finden muss. Bastian erkennt, dass sein Verlangen nach Liebe erfüllt wurde und er "fähig sein muss zu lieben". Er verlässt sie, während Dame Eyola wie eine Pflanze verwelkt.
Bastian trifft Yor, einen blinden Bergmann, in einer Bildermine, in der vergessene Träume gesucht werden. Yor bittet ihn, ein Bild zu finden, das ihn zum Wasser des Lebens führt. Bastian findet das Bild eines Mannes in einem weißenKittel, der seinen Namen verliert.
Shlamoofs stören ihn und zerbrechen das Bild. Durch seine Tränen hindurch sieht er Atreju und Falkor.
Bastian gibt Atreyu AURYN und aktiviert damit die Wächter des Wassers des Lebens. Falkor übersetzt, dass der Brunnen nach Namen fragt. Bastian kann nicht antworten, aber Atreyu antwortet für ihn. Bastian taucht in das Wasser ein und wird zu seinem wahren Ich, das
fähig ist zu lieben. Er verabschiedet sich von seinen Freunden und verspricht, die Geschichten, die er begonnen hat, zu vollenden. Er kehrt in seine Welt zurück und stellt fest, dass das Buch verschwunden ist.
Er trifft sich wieder mit seinem Vater und erzählt ihm von seinen Abenteuern. Er gesteht Herrn Coreander, dass er das Buch gestohlen und verloren hat. Coreander glaubt Bastian und enthüllt, dass er auch in Fantastica war. Sie vereinbaren, Geschichten auszutauschen. Coreander schlägt vor, dass Bastian andere nach Fantastica führen wird.